Mật ngữ rừng xanh là một câu chuyện thiên nhiên mang tính chất phiêu lưu và viễn tưởng với bối cảnh chính là một khu rừng hư cấu ở Việt Nam đang có nguy cơ bị phá hủy.

Để bảo vệ khu rừng, các nhà khoa học phải đưa ra bằng chứng được ghi lại trên bốn tấm bản đồ cổ cuối thế kỷ mười chín. Tuy nhiên, trong tay hai nhà khoa học đang nổ lực cứu khu rừng này chỉ có hai tấm bản đồ. Họ sẽ phải tìm ra hai tấm bản đồ còn lại.

Ở một nhóm khác, những đứa con của họ cũng vô tình gặp nhau trong khu rừng ấy sau một chuyến chèo thuyền tử thần. Chính cuộc gặp mặt này đã giúp những đứa trẻ hợp lực bảo vệ khu rừng bằng tình yêu thiên nhiên. Tất cả chúng đều có chung một khả năng đặc biệt là nói chuyện được với động vật hoang dã. Nhân danh những người yêu quý rừng xanh, những đứa trẻ thống lãnh hơn hai mươi ngàn con thú để chống lại những kẻ phá rừng. Cũng rất vô tình, chính chúng là người nắm giữ hai tấm bản đồ quan trọng còn lại. Song, suốt cả câu chuyện hai thế hệ hoàn toàn thất lạc nhau.

Cuối cùng, liệu những người chiến đấu vì tình yêu thiên nhiên có tìm được “mật ngữ rừng xanh” để bảo vệ khu rừng?